Strandcheckr
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doi：10.18129/b9.bioc.strandcheckr
这是发展Strandcheckr的版本;对于稳定版本，请参阅Strandcheckr。
计算BAM文件的链性信息
生物导体版本：开发（3.16）
该软件包旨在从链特异性RNA样品中量化和去除假定的双链DNA。还有一些选项和方法来绘制所有滑动窗口的正/负比例，这使用户可以了解样品被污染了多少以及用于过滤的适当阈值。
作者：thu-hien到[AUT，CRE]，史蒂夫·佩德森[aut]
维护者：thu-hien至gmail.com>
引用（从r内，输入引用（“ strandcheckr”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ strandcheckr”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ strandcheckr”）
| html | R脚本 | Strandcheckr的介绍 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 结盟，，，，覆盖范围，，，，免疫学，，，，QualityControl，，，，rnaseq，，，，软件 |
| 版本 | 1.15.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.8（R-3.5）（4年） |
| 执照 | GPL（> = 2） |
| 要看 | |
| 进口 | dplyr，，，，马格里特，，，，GenomeInfodB，，，，基因组签名，，，，基因组机，，，，iranges，，，，rsamtools，，，，S4VECTORS， 网格，生物基因，，，，GGPLOT2，，，，RESHAPE2，统计栅格，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown， 方法，Stringr，，，，rmarkDown |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，尼特，，，，测试 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/uofabioinformaticshub/strandcheckr |
| BugReports | https://github.com/uofabioinformaticshub/strandcheckr/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | strandcheckr_1.15.0.tar.gz |
| Windows二进制 | strandcheckr_1.15.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | strandcheckr_1.15.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/strandcheckr |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/strandcheckr |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/strandcheckr/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
