sscu

DOI:10.18129 / B9.bioc.sscu

这是发展sscu版本;稳定的发布版本,请参阅sscu。

选择密码子使用的力量

Bioconductor版本:发展(3.16)

包计算索引的选择性力量在细菌物种的密码子使用。(1)选择的密码子使用的包可以计算强度偏差(sscu也叫s_index)基于保罗·夏普的方法。的方法考虑背景突变率,和只关注四对密码子与环球转化优势菌种。因此sscu指数在不同物种之间具有可比性。(2)包可以检测的力量转化精度选择明石的测试。测试列表显示所有密码子为四类守恒的特性/变量氨基酸和最优/最优密码子。(3)最优密码子列表(选定的基码)可以计算通过op_highly函数(通过使用高表达基因与基因识别最优密码子),或op_corre_CodonW / op_corre_NCprime函数(通过相关方法由Hershberg & Petrov)。用户将有进一步分析的最优密码子列表,比如输入明石的测试。(4)密码子使用情况的详细信息,如RSCU价值,数量的最优密码子在高度/所有基因集,以及基因组gc3值,可以计算optimal_codon_statistics和genomic_gc3功能。(5)此外,我们添加一个测试函数low_frequency_op包。 The function try to find the low frequency optimal codons, among all the optimal codons identified by the op_highly function.

作者:于太阳

维修工:于太阳< sunyu1357 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“sscu”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,遗传学,软件,WholeGenome
版本	2.27.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(6.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.3)
进口	Biostrings(> = 2.36.4),seqinr(3.1 > = 3),BiocGenerics(> = 0.16.1)
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	sscu_2.27.0.tar.gz
Windows二进制	sscu_2.27.0.zip(64位)
macOS 10.13(高山脉)	sscu_2.27.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sscu
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ sscu
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sscu/
包下载报告	下载数据