srnadiff

DOI:10.18129 / B9.bioc.srnadiff

这是发展srnadiff的版本;稳定版请参见srnadiff．

从RNA-seq数据中发现差异表达的未注释基因组区域

Bioconductor版本:开发(3.16)

srnadiff是一个包，可以在基本分辨率水平上从RNA-seq数据中找到不同表达的区域，而不依赖于现有的注释。为此，该包实现了识别-然后注释的方法，该方法建立在将差分表达区域检测和差分表达量化两种管道方法相结合的思想之上。它读取BAM文件作为输入，然后输出一个不同区域的列表，以及调整后的p值。

作者:Zytnicki Matthias [aut, cre]， Gonzalez Ignacio [aut]

维护者:Zytnicki Matthias < Matthias。Zytnicki在inra.fr>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("srnadiff")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“srnadiff”)

超文本标记语言	R脚本	srnadiff包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DifferentialExpression，表观遗传学，GeneExpression，ImmunoOncology，预处理，SmallRNA，软件，StatisticalMethod
版本	1.17.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6)
进口	Rcpp(>= 0.12.8)，方法devtools，S4Vectors，GenomeInfoDb，rtracklayer，SummarizedExperiment，IRanges，GenomicRanges，DESeq2，刨边机，baySeq，Rsamtools，GenomicFeatures，GenomicAlignmentsgrDevices,Gviz，BiocParallel，BiocStyle，BiocManager
链接	Rcpp
建议	knitr，rmarkdown，testthat，BiocManager，BiocStyle
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	srnadiff_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	srnadiff_1.17.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	srnadiff_1.17.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/srnadiff
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/srnadiff
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/srnadiff/
软件包下载报告	下载数据