spqn

DOI:10.18129 / B9.bioc.spqn

这是发展spqn版本;稳定的发布版本,请参阅spqn。

空间分位数正常化

Bioconductor版本:发展(3.18)

spqn包实现空间分位数正常化(spqn)。这个方法是删除一个开发相关关系从基因表达数据相关矩阵的建立。它可以作为预处理步骤之前co-expression分析。

作者:易王(cre, aut], Kasper丹尼尔·汉森(aut)

维修工:易王< yiwangthu5 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“spqn”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“spqn”)

HTML	R脚本	spqn用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GraphAndNetwork,NetworkInference,归一化,软件
版本	1.13.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0), ggplot2, ggridges,SummarizedExperiment,BiocGenerics
进口	图形、统计、matrixStats跑龙套
链接
建议	BiocStyleknitr rmarkdown,工具,spqnDataRUnit (> = 0.99.3)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/hansenlab/spqn
BugReports	https://github.com/hansenlab/spqn/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	spqn_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	spqn_1.13.0.zip
macOS二进制(x86_64)	spqn_1.13.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spqn
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ spqn
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/spqn/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/spqn/
包下载报告	下载数据