有尖刺的

DOI:10.18129 / B9.bioc.spiky

这是发展spiky的版本;稳定版请参见有尖刺的．

无细胞MeDIP的插入校准

Bioconductor版本:开发(3.17)

spiky实现了cfMeDIP(无细胞甲基化DNA免疫沉淀)与spike-in控制的方法和模型生成。CfMeDIP是一种富集方案，避免了稀缺模板的破坏性转换，使其成为理想的“液体活检”，但在比较标本、受试者和实验结果时存在一定的挑战。使用合成的spike-in标准寡聚物允许使用cfMeDIP进行诊断，定量比较受试者、实验和时间点的样本，无论是相对还是绝对。

作者:Samantha Wilson [aut]， Lauren Harmon [aut]， Tim Triche [aut, cre]

维护者:Tim Triche

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("spiky")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“的”)

超文本标记语言	R脚本	Spiky:使用spike-in控件分析cfMeDIP-seq数据
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文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialMethylation，归一化，预处理，质量控制，测序，软件
版本	1.5.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-2
取决于	Rsamtools，GenomicRanges， r (>= 3.6.0)
进口	统计数据,尺度，bamlss，方法，工具，IRanges，Biostrings，GenomicAlignments，BlandAltmanLeh，GenomeInfoDb，BSgenome，S4Vectors、图形、ggplot2,跑龙套
链接
建议	covr，testthat，equatiomatic，universalmotif，烤肉串，ComplexHeatmap，rmarkdown，减价，knitr，devtools，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.masked，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.masked，BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/trichelab/spiky
BugReports	https://github.com/trichelab/spiky/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	spiky_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	spiky_1.5.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	spiky_1.5.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	spiky_1.5.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spiky
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/spiky
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/spiky/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/spiky/
软件包下载报告	下载数据