spatzie

DOI:10.18129 / B9.bioc.spatzie

这是发展spatzie版本;稳定的发布版本,请参阅spatzie。

丰富主题对染色质交互数据的识别

Bioconductor版本:发展(3.16)

标识图案从enhancer-promoter显著co-enriched交互数据。虽然enhancer-promoter注释通常用来定义组交互锚,spatzie还支持co-enrichment分析预处理之间交互锚。支持BEDPE交互数据来自全基因组分析如嗝,ChIA-PET, HiChIP。也可以用来寻找不同丰富主题对两个互动实验。

作者:珍妮弗Hammelman (aut、cre cph]康斯坦丁Krismer (aut)大卫·吉福德(黑色,cph)

维修工:珍妮弗Hammelman < jhammelm mit.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“spatzie”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“spatzie”)

HTML		YY1 ChIA-PET主题分析(调用)
HTML		YY1 ChIA-PET主题分析(循序渐进)
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,DNA3DStructure,表观遗传学,FunctionalGenomics,GeneRegulation,嗝,PeakDetection,软件,转录
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	BiocGenerics,BSgenome,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,GenomicInteractions,GenomicRanges,ggplot2,IRanges,matrixStats,motifmatchr,S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,TFBSTools,跑龙套
链接
建议	BiocManager,Biostrings,knitr,pheatmap,rmarkdown,testthat,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://spatzie.mit.edu
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	spatzie_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	spatzie_1.3.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	spatzie_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spatzie
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ spatzie
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/spatzie/
包下载报告	下载数据