spatialDE

DOI:10.18129 / B9.bioc.spatialDE

这是发展spatialDE版本;稳定的发布版本,请参阅spatialDE。

R包装SpatialDE

Bioconductor版本:发展(3.17)

SpatialDE方法找到空间变量基因从空间转录组数据(SVG)。这个包提供了包装使用的Python SpatialDE图书馆R,使用网状和蛇怪。

作者:大卫·科索(aut (cre),米兰Malfait (aut)摩西,λ(aut)

维修工:大卫·科索< davide.corso。2在phd.unipd.it >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“spatialDE”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“spatialDE”)

HTML	R脚本	介绍spatialDE
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	软件,转录组
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1)
进口	网状,蛇怪(> = 1.9.10),使彻底失败统计数据,SpatialExperiment、方法、SummarizedExperiment,矩阵,S4Vectors,ggplot2,ggrepel,尺度,gridExtra
链接
建议	knitr,BiocStyle,rmarkdown,testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/sales-lab/spatialDE//www.anjoumacpherson.com/packages/spatialDE/
BugReports	https://github.com/sales-lab/spatialDE/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	spatialDE_1.5.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spatialDE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ spatialDE
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/spatialDE/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/spatialDE/
包下载报告	下载数据