soggi

doi:10.18129/b9.bioc.soggi

这是发展soggi的版本;对于稳定版本,请参阅soggi

可视化chip-seq,mnase-seq和基序的出现为汇总的基因组间隔的汇总图

生物导体版本:开发(3.16)

SOGGI软件包提供了一个工具集来创建来自BAM和BAM和Bigwig文件以及PWM,RLELIST,GRANGES和GALIGNEMENT BIOCONDEMENTS BIOCONDUCTOR对象的信号或基序的基因组间隔聚合/摘要图。Soggi允许在摘要绘图对象和摘要之间以及通过Granges对象和用户提供的元数据对图进行分组和子集的标准化,转换和算术操作。使用GGPLOT2 LIBARY创建图,以允许用户定义的返回图​​对象的操纵。结合在一起,soggi采用了一组广泛的方法,可在基因组间隔(例如基因,超增强剂和转录因子结合事件)的背景下可视化基因组学数据。

作者:Gopuraja Dharmalingam,Doug Barrows,Tom Carroll

维护者:汤姆·卡罗尔(Tom Carroll)

引用(从r内,输入引用(“ soggi”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version = devel ='devel')biocmanager :: install(“ soggi”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Soggi”)

PDF R脚本 soggi
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 chipseq,,,,覆盖范围,,,,测序,,,,软件
版本 1.29.0
在生物导体中 Bioc 3.1(R-3.2)(7年)
执照 GPL(> = 3)
要看 r(> = 3.5.0),生物基因,,,,总结性特征
进口 方法,RESHAPE2,,,,GGPLOT2,,,,S4VECTORS,,,,iranges,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,生物弦,,,,rsamtools,,,,基因组签名,,,,rtracklayer,,,,预处理,,,,chipseq,,,,生物比较
链接
建议 测试,,,,生物使用,,,,尼特
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我 profileplyr
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 soggi_1.29.0.tar.gz
Windows二进制 soggi_1.29.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) soggi_1.29.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/soggi
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/soggi
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/soggi/
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