snapcount

DOI:10.18129 / B9.bioc.snapcount

这是发展snapcount版本;稳定的发布版本,请参阅snapcount。

R / Bioconductor方案与Snaptron快速查询的表达

Bioconductor版本:发展(3.18)

snapcount Snaptron web服务客户端接口,支持查询基因名称或基因组区域。结果包括原始表达式计数来自对齐RNA-seq样品和/或各种总结措施表达基因/跨一个或多个区域每个样本(例如拼接百分比)。

作者:檐沟查尔斯(aut (cre)

维修工:查尔斯檐沟< rcharle8 jh.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“snapcount”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“snapcount”)

HTML	R脚本	snapcount快速入门指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道,DataImport,GeneExpression,RNASeq,测序,软件
版本	1.13.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(3年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	R6、httr rlang、purrr jsonlite为了,数据。表、矩阵、magrittr方法、stringr统计,IRanges,GenomicRanges,SummarizedExperiment
链接
建议	BiocManager、bit64 covr、knitcitations knitr (> = 1.6), devtools,BiocStyle(> = 2.5.19)rmarkdown (> = 0.9.5), testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/langmead-lab/snapcount
BugReports	https://github.com/langmead-lab/snapcount/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	snapcount_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	snapcount_1.13.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	snapcount_1.13.0.tgz
macOS二进制(arm64)	snapcount_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/snapcount
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ snapcount
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/snapcount/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/snapcount/
包下载报告	下载数据