弹弓

DOI:10.18129 / B9.bioc.slingshot

这是发展弹弓版本;稳定版请参见弹弓．

订购单细胞测序的工具

Bioconductor版本:开发(3.17)

提供用于推断低维数据中连续的分支谱系结构的函数。Slingshot被设计用于模拟单细胞RNA测序数据中的发育轨迹，并作为降维和聚类后分析管道中的组件。它足够灵活，可以处理任意多的分支事件，并允许通过监督图构造合并先验知识。

作者:Kelly Street [aut, cre, cph]， Davide Risso [aut]， Diya Das [aut]， Sandrine Dudoit [ths]， Koen Van den Berge [ctb]， Robrecht Cannoodt [ctb] ( rcannood)

维护者:Kelly Street < Street。凯利在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("slingshot")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“弹弓”)

超文本标记语言	R脚本	微分拓扑:沿轨迹比较条件
超文本标记语言	R脚本	弹弓:单细胞数据的轨迹推断
PDF		参考手册

细节

biocViews	聚类，DifferentialExpression，GeneExpression，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组，可视化
版本	2.7.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0)，princurve(>= 2.0.4)， stats，TrajectoryUtils
进口	图形、grDevicesigraph，matrixStats、方法、S4Vectors，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment
链接
建议	BiocGenerics，BiocStyle，clusterExperiment，DelayedMatrixStats，knitr，mclust，mgcv，RColorBrewer，rgl，rmarkdown，testthat，uwot，covr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/kstreet13/slingshot/issues
全靠我	OSCA.advanced
进口我	调味品，tradeSeq，traviz
建议我	鸭嘴兽,RaceID
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	slingshot_2.7.0.tar.gz
Windows二进制	slingshot_2.7.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	slingshot_2.7.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	slingshot_2.7.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/slingshot
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/slingshot
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/slingshot/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/slingshot/
软件包下载报告	下载数据