激流回旋

DOI:10.18129 / B9.bioc.slalom

这是发展版本的激流回旋;稳定的发布版本,请参阅激流回旋。

阶乘的潜变量模型单细胞RNA-Seq数据

Bioconductor版本:发展(3.17)

障碍滑雪是一个可伸缩的建模框架为单细胞RNA-seq数据使用基因组注释解剖单细胞转录组异质性,从而允许识别生物驱动细胞间的变异性和模型的混杂因素。该方法使用贝叶斯因子分析潜变量模型来识别活跃通路(由用户选择,例如KEGG通路),解释一个单细胞RNA-seq数据集的变化。这个R / c++实现的f-scLVM Python包。看到出版描述方法在https://doi.org/10.1186/s13059 - 017 - 1334 - 8。

作者:御马布特尼(aut) Naruemon Pratanwanich (aut),戴维斯麦卡锡(aut (cre),约翰Marioni (aut),奥利弗Stegle (aut)

维护人员:戴维斯麦卡锡<戴维斯在ebi.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“激流回旋”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“激流回旋”)

HTML	R脚本	介绍障碍滑雪
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DimensionReduction,GeneExpression,ImmunoOncology,KEGG,归一化,RNASeq,Reactome,测序,SingleCell,软件,转录组,可视化
版本	1.21.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.0)
进口	Rcpp(> = 0.12.8),RcppArmadillo,黑洞,ggplot2、网格GSEABase、方法、rsvd,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,统计数据
链接	Rcpp,RcppArmadillo,黑洞
建议	BiocStyle,knitr,rhdf5,rmarkdown,嘘,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	slalom_1.21.0.tar.gz
Windows二进制	slalom_1.21.0.zip
macOS二进制(x86_64)	slalom_1.21.0.tgz
macOS二进制(arm64)	slalom_1.21.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/slalom
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/障碍滑雪赛
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/slalom/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/slalom/
包下载报告	下载数据