skewr

DOI:10.18129 / B9.bioc.skewr

这是发展skewr版本;稳定的发布版本,请参阅skewr。

可视化强度由人类甲基化450 k BeadChip Illumina公司的

Bioconductor版本:发展(3.17)

skewr包是一个可视化的工具的输出Illumina公司人类甲基化450 k BeadChip帮助质量控制。它创建一个小组9块。六个情节代表密度的甲基化强度或unmethylated强度由三种探针总数485577的子集。你读这些子集包括类型,类型I-green和II型。其余三个分布给Beta-values的密度相同的三个子集。每个九块可选显示分布的“rs”SNP探针,探针与印迹基因相关的系列“滴答”标志上方的轴。

作者:瑞安帕特尼(cre, aut],史蒂文Eschrich (aut),安德斯·巴瑞(aut)

维护人员:瑞安帕特尼< ryanputney gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“skewr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“skewr”)

PDF	R脚本	介绍skewr包
PDF		参考手册

细节

biocViews	DNAMethylation,预处理,质量控制,软件,TwoChannel
版本	1.31.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(8年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.1.1),methylumi,西瓜,mixsmsn,IlluminaHumanMethylation450kmanifest
进口	minfi,S4Vectors(> = 0.19.1),RColorBrewer
链接
建议	GEOquery,knitr,minfiData
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	skewr_1.31.0.tar.gz
Windows二进制	skewr_1.31.0.zip
macOS二进制(x86_64)	skewr_1.31.0.tgz
macOS二进制(arm64)	skewr_1.31.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/skewr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ skewr
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/skewr/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/skewr/
包下载报告	下载数据