sitePath

DOI:10.18129 / B9.bioc.sitePath

这是发展sitePath版本;稳定的发布版本,请参阅sitePath

Phylogeny-based序列聚类网站多态性

Bioconductor版本:发展(3.18)

使用网站多态性是一种集群DNA和蛋白质序列的方法,但有可能相同的序列多态性基因遥远的一个站点。这个包使用网站针对聚类序列多态性及其对应的系统发育树。通过考虑其位置在树上,只有结构相邻序列将集群。然而,相邻序列可能不一定有相同的多态性。所以和像算法最小化熵代表站点的多态性,每个集群的纯度。

作者:澄霁(cre, aut cph]吴,Hangyu周(黑色),航(黑色)

维护人员:澄霁<澄。在alumni.xjtlu.edu.cn ji12 >

从内部引用(R,回车引用(“sitePath”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“sitePath”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“sitePath”)

HTML R脚本 介绍sitePath
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 对齐,MultipleSequenceAlignment,系统发生学,单核苷酸多态性,软件
版本 1.17.0
Bioconductor自 BioC 3.9 (r - 3.6)(4年)
许可证 麻省理工学院+文件许可证
取决于 R (> = 4.1)
进口 RColorBrewer Rcpp,猿,aplot、ggplot2 ggrepel,ggtree、图形、grDevices gridExtra、方法平行,seqinr,统计,tidytree跑龙套
链接 Rcpp
建议 BiocStyledevtools knitr,魔法,rmarkdown testthat
SystemRequirements
增强了
URL https://wuaipinglab.github.io/sitePath/
BugReports https://github.com/wuaipinglab/sitePath/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 sitePath_1.17.0.tar.gz
Windows二进制 sitePath_1.17.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64) sitePath_1.17.0.tgz
macOS二进制(arm64) sitePath_1.17.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sitePath
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ sitePath
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/sitePath/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/sitePath/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网