sitePath

DOI:10.18129 / B9.bioc.sitePath

这是发展sitePath版本;稳定的发布版本,请参阅sitePath。

Phylogeny-based序列聚类网站多态性

Bioconductor版本:发展(3.18)

使用网站多态性是一种集群DNA和蛋白质序列的方法,但有可能相同的序列多态性基因遥远的一个站点。这个包使用网站针对聚类序列多态性及其对应的系统发育树。通过考虑其位置在树上,只有结构相邻序列将集群。然而,相邻序列可能不一定有相同的多态性。所以和像算法最小化熵代表站点的多态性,每个集群的纯度。

作者:澄霁(cre, aut cph]吴,Hangyu周(黑色),航(黑色)

维护人员:澄霁<澄。在alumni.xjtlu.edu.cn ji12 >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“sitePath”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“sitePath”)

HTML	R脚本	介绍sitePath
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,MultipleSequenceAlignment,系统发生学,单核苷酸多态性,软件
版本	1.17.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(4年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1)
进口	RColorBrewer Rcpp,猿,aplot、ggplot2 ggrepel,ggtree、图形、grDevices gridExtra、方法平行,seqinr,统计,tidytree跑龙套
链接	Rcpp
建议	BiocStyledevtools knitr,魔法,rmarkdown testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://wuaipinglab.github.io/sitePath/
BugReports	https://github.com/wuaipinglab/sitePath/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	sitePath_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	sitePath_1.17.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	sitePath_1.17.0.tgz
macOS二进制(arm64)	sitePath_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sitePath
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ sitePath
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/sitePath/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sitePath/
包下载报告	下载数据