sincell

DOI:10.18129 / B9.bioc.sincell

这是发展sincell版本;稳定的发布版本,请参阅sincell。

R包细胞状态的统计评估层次结构从单细胞RNA-seq数据

Bioconductor版本:发展(3.17)

细胞分化过程是通过连续的层次中间可能被单细胞RNA seq的形态。现有计算方法从单细胞形态层次结构数据的评估可能会下正式的通用工作流i)组成的一个指标来评估细胞间相似性与降维一步(组合),和(二)graph-building算法(可选利用cells-clustering一步)。Sincell R包实现了一个方法论的工具箱允许灵活的工作流在这样的框架。此外,Sincell新算法有助于提供形态层次结构与统计的支持而占单细胞RNA seq随机因素。提供图形化表达和功能关联测试解释层次结构。

作者:Miguel茱莉亚< migueljuliamolina gmail.com > Amalio Telenti < atelenti jcvi.org >,安东尼奥Rausell <安东尼奥。在isb-sib.ch rausell >

维修工:米盖尔茱莉亚< migueljuliamolina gmail.com >,安东尼奥Rausell <安东尼奥。在isb-sib.ch rausell >

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“sincell”)

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PDF	R脚本	Sincell:分析层次结构从单细胞RNA-seq的细胞状态
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细节

biocViews	BiomedicalInformatics,CellBiology,聚类,FunctionalGenomics,GeneExpression,GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,SystemsBiology,可视化
版本	1.31.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(8年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.0.2),igraph
进口	Rcpp(> = 0.11.2),熵,scatterplot3d,质量,茶匙,ggplot2,reshape2,字段,代理平行,Rtsne,fastICA,集群,statmod
链接	Rcpp
建议	BiocStyle,knitr,biomaRt,stringr,单片眼镜
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/
取决于我
进口我
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包档案

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源包	sincell_1.31.0.tar.gz
Windows二进制	sincell_1.31.0.zip
macOS二进制(x86_64)	sincell_1.31.0.tgz
macOS二进制(arm64)	sincell_1.31.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sincell
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ sincell
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/sincell/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sincell/
包下载报告	下载数据