similaRpeak

DOI:10.18129 / B9.bioc.similaRpeak

这是发展similaRpeak版本;稳定版请参见similaRpeak．

用于估计两个ChIP-Seq配置文件之间相似程度的度量

Bioconductor版本:开发(3.17)

这个包计算度量，量化ChIP-Seq配置文件之间的相似程度。更具体地说，该包实现了ChIP-Seq配置文件中专门用于模式相似性检测的六个伪度量。

作者:Astrid Deschênes [cre, aut]， Elsa Bernatchez [aut]， Charles Joly Beauparlant [aut]， Fabien Claude Lamaze [aut]， Rawane Samb [aut]， Pascal Belleau [aut]， Arnaud Droit [aut]

维护者:Astrid Deschênes

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("similaRpeak")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“similaRpeak”)

超文本标记语言	R脚本	两个ChIP-Seq配置文件之间的相似性
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiologicalQuestion，ChIPSeq，DifferentialExpression，遗传学，MultipleComparison，软件
版本	1.31.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R6(> = 2.0)
进口	统计数据
链接
建议	RUnit，BiocGenerics，knitr，Rsamtools，GenomicAlignments，rtracklayer，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/adeschen/similaRpeak
BugReports	https://github.com/adeschen/similaRpeak/issues
全靠我
进口我
建议我	metagene
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	similaRpeak_1.31.0.tar.gz
Windows二进制	similaRpeak_1.31.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	similaRpeak_1.31.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	similaRpeak_1.31.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/similaRpeak
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/similaRpeak
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/similaRpeak/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/similaRpeak/
软件包下载报告	下载数据