签名者

DOI:10.18129 / B9.bioc.signeR

这是发展签名者版本;稳定版请参见签名者．

变异特征发现的经验贝叶斯方法

Bioconductor版本:开发(3.17)

signeR包提供了一种发现突变签名的经验贝叶斯方法。它被设计用于分析癌症基因组中的单核苷酸变异(SNV)计数，但也可以应用于其他特征。还提供了根据暴露模式表征签名或基因组样本的功能。

作者:Rafael Rosales, Rodrigo Drummond, Renan Valieris, Israel Tojal da Silva

维护者:Renan Valieris < Renan。Valieris在accamargo.org.br>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("signeR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“签名者”)

超文本标记语言	R脚本	签名者
超文本标记语言	R脚本	signeRFlow
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文本		新闻

细节

biocViews	GenomicVariation，软件，SomaticMutation，StatisticalMethod，可视化
版本	魅惑
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.0.2)，VariantAnnotation，NMF
进口	BiocGenerics，Biostrings，类grDevices,GenomeInfoDb，GenomicRanges，IRanges，nloptr，方法，统计，utils，PMCMRplus平行,pvclust，ppclust，线索，生存，maxstat，survivalAnalysis，未来，VGAM，质量，kknn，glmnet，e1071，randomForest，艾达，future.apply，ggplot2，pROC，pheatmap，RColorBrewer，listenv，reshape2，尺度，survminer，dplyr，ggpubr，cowplot，宠物猫，readr，闪亮的，shinydashboard，shinycssloaders，shinyWidgets，bsplus，DT，magrittr，tidyr，BiocFileCache，代理，rtracklayer，BSgenome
链接	Rcpp，RcppArmadillo(> = 0.7.100)
建议	knitr，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，rmarkdown
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/rvalieris/signeR
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	signeR_2.1.0.tar.gz
Windows二进制	signeR_2.1.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	signeR_2.1.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	signeR_2.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/signeR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/signeR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/signeR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/signeR/
软件包下载报告	下载数据