SignaturesEarch

doi：10.18129/b9.bioc.signaturesearch

这是发展SignaturesEarch的版本；对于稳定版本，请参阅SignaturesEarch。

基因表达搜索的环境与功能富集分析相结合

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包实现了用于执行基因表达签名（GES）搜索的算法和数据结构，并随后使用专门的富集方法在功能上解释结果。

作者：Yuzhu Duan [AUT]，Brendan Gongol [CRE，AUT]，Thomas Girke [aut]

维护者：ucr.edu>的Brendan Gongol

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ signaturesearch”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ signaturesearch”）

html	R脚本	SignaturesEarch
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	覆盖范围，，，，差异性，，，，去，，，，基因表达，，，，kegg，，，，NetworkEnrichment，，，，测序，，，，软件
版本	1.11.0
在生物导体中	Bioc 3.10（R-3.6）（2。5年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 3.6.0），RCPP，，，，总结性特征
进口	AnnotationDbi，，，，GGPLOT2，，，，Data.Table，，，，实验室，，，，HDF5Array，，，，马格里特，，，，rsqlite，，，，dplyr，，，，fgsea，，，，秤， 方法，QVALUE，统计，utils，RESHAPE2，，，，Visnetwork，，，，生物比较，，，，FastMatch，，，，Reactome.db，，，，矩阵，，，，clusterProfiler，，，，readr，，，，剂量，，，，RHDF5，，，，gseabase，，，，延迟，，，，生物基因
链接	RCPP
建议	尼特，，，，测试，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，org.hs.eg.db，，，，signaturesearchdata，，，，DT
系统要求	C ++ 11
增强
URL	https://github.com/yduan004/signaturesearch/
BugReports	https://github.com/yduan004/signaturesearch/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	signaturesearch_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	signaturesearch_1.11.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	signaturesearch_1.11.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/signaturesearch
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/签名搜索
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/signaturesearch/
软件包下载报告	下载统计