shinyepico

DOI:10.18129 / B9.bioc.shinyepico

这是发展shinyepico的版本;稳定版请参见shinyepico．

ShinyEPICo

Bioconductor版本:开发(3.17)

ShinyÉPICo是一个分析Illumina DNA甲基化阵列(450k或EPIC)的图形管道。它允许在用户友好的界面中计算不同甲基化的位置和不同甲基化的区域。此外，它还包括几个选项，用于导出结果并获取文件以执行下游分析。

作者:Octavio Morante-Palacios [cre, aut]

维护者:Octavio Morante-Palacios

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("shinyepico")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“shinyepico”)

超文本标记语言	R脚本	shinyepico
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialMethylation，微阵列，预处理，质量控制，软件
版本	1.7.1上
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	AGPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 4.3.0)
进口	DT(> = 0.15.0),data.table(> = 1.13.0),doParallel(> = 1.0.0),dplyr(> = 1.0.9),foreach(> = 1.5.0),GenomicRanges(> = 1.38.0),ggplot2(> = 3.3.0),gplots(> = 3.0.0),的热图(> = 1.1.0版),limma(> = 3.42.0),minfi(> = 1.32.0),情节(> = 4.9.2),reshape2(> = 1.4.0),rlang(> = 1.0.2中),rmarkdown(> = tripwire),rtracklayer(> = 1.46.0),闪亮的(> = 1.5.0),shinyWidgets(> = 0.5.0),shinycssloaders(> = 0.3.0),shinyjs(> = 1.1.0版),shinythemes(> = 1.1.0版),statmod(> = 1.4.0),tidyr(> = 1.2.0),邮政编码(> = 2.1.0的)
链接
建议	knitr(> = 1.30.0),mCSEA(> = 1.10.0),IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylation450kmanifest，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICmanifest，testthat，minfiData
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/omorante/shiny_epico
BugReports	https://github.com/omorante/shiny_epico/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	shinyepico_1.7.1.tar.gz
Windows二进制	shinyepico_1.7.1.zip
macOS二进制文件(x86_64)	shinyepico_1.7.1.tgz
macOS二进制文件(arm64)	shinyepico_1.7.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/shinyepico
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/shinyepico
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/shinyepico/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/shinyepico/
软件包下载报告	下载数据