sevenC

DOI:10.18129 / B9.bioc.sevenC

这是发展sevenC版本;稳定的发布版本,请参阅sevenC。

计算染色体构象捕获相关的ChIP-seq CTCF图案

Bioconductor版本:发展(3.17)

染色质真核基因组的循环是一个重要的特性,可以使监管序列,如增强剂或转录因子结合位点,在监管目标基因的物理相近。在这里,我们提供sevenC, R包使用蛋白结合信号从ChIP-seq和主题信息预测染色质循环事件序列。密切结合的蛋白质的交联环锚在锚位点导致ChIP-seq信号。这些信号是用于CTCF主题对彼此和他们的距离和方向预测是否交互。由此产生的染色质循环可以用来把增强剂或转录因子结合位点(如ChIP-seq山峰)监管目标基因。

作者:乔纳斯Ibn-Salem (aut (cre)

维护人员:乔纳斯Ibn-Salem <乔纳斯。在tron-mainz.de ibn-salem >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“sevenC”)

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文档

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细节

biocViews	注释,ChIPSeq,ChIPchip,分类,报道,DNA3DStructure,DataImport,表观遗传学,FunctionalGenomics,嗝,回归,软件
版本	1.19.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5),InteractionSet(> = 1.2.0)
进口	rtracklayer(> = 1.34.1),BiocGenerics(> = 0.22.0),GenomeInfoDb(> = 1.12.2),GenomicRanges(> = 1.28.5),IRanges(> = 2.10.3),S4Vectors(> = 0.14.4),readr(> = 1.1.0),purrr(> = 0.2.2),data.table(> = 1.10.4),引导(> = 1.3 -20)、方法(> = 3.4.1)
链接
建议	testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,GenomicInteractions,covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ibn-salem/sevenC
BugReports	https://github.com/ibn-salem/sevenC/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	sevenC_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	sevenC_1.19.0.zip
macOS二进制(x86_64)	sevenC_1.19.0.tgz
macOS二进制(arm64)	sevenC_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sevenC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ sevenC
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/sevenC/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sevenC/
包下载报告	下载数据