芝麻

doi：10.18129/b9.bioc.sesame

这是发展芝麻的版本；对于稳定版本，请参阅芝麻。

DNA甲基化beadchips明智的逐步分析

生物导体版本：开发（3.16）

用于分析Illumina Infinium DNA甲基化阵列的工具。Sesame提供了公用事业，以支持多代Infinium DNA甲基化Beadchips的分析，包括预处理，质量控制，可视化和推理。芝麻具有准确的检测呼叫，智能推断种族，性别和高级质量控制程序。

作者：徘徊周[AUT，CRE]，Wubin Ding [CTB]，David Goldberg [CTB]，Ethan Moyer [CTB]，Bret Barnes [CTB]，Timothy Triche [CTB]，Hui Shen [aut]

维护者：在gmail.com>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ sesame”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“芝麻”）

html	R脚本	0.基本用法
html	R脚本	1.质量控制
html	R脚本	2.非人类阵列
html	R脚本	3.建模
html	R脚本	4.数据推断
html	R脚本	5.知识
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	DNAMETHYLATY，，，，甲基化array，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，软件
版本	1.15.6
在生物导体中	Bioc 3.8（R-3.5）（3.5岁）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	r（> = 4.1），Sesamedata
进口	图形，生物比较，utils，方法，Stringr，，，，readr，，，，蒂布尔，，，，Illuminaio，，，，大量的，，，，小麦图（> = 0.2.0），基因组机，，，，iranges， 网格，预处理，，，，S4VECTORS，，，，GGPLOT2，，，，Biocfilecache，，，，GenomeInfodB，统计总结性特征，，，，dplyr，，，，RESHAPE2
链接
建议	秤，，，，尼特，，，，DNACOPIGY，，，，E1071，，，，Randomforest，，，，rpmm，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，花花公子，，，，生物使用，，，，Ggrepel，grdevices，朋友
系统要求
增强
URL	https://github.com/zwdzwd/sesame
BugReports	https://github.com/zwdzwd/sesame/issues
取决于我
进口我	甲基，，，，tcgabiolinksgui
建议我	rnbeads，，，，Sesamedata，，，，tcgabiolinks
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	sesame_1.15.6.tar.gz
Windows二进制	sesame_1.15.6.zip
MacOS 10.13（高山脉）	sesame_1.15.6.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sesame
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/芝麻
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/sesame/
软件包下载报告	下载统计