seqsetvis

DOI:10.18129 / B9.bioc.seqsetvis

这是发展seqsetvis版本;稳定的发布版本,请参阅seqsetvis。

设置基于下一代测序数据的可视化

Bioconductor版本:发展(3.17)

seqsetvis使套基因组的可视化和分析网站第二代测序数据。尽管seqsetvis设计的比较mulitple ChIP-seq样本,这个包是域无关,并允许多个基因组协调文件的处理(榻文件)和信号文件(权贵文件限速从bam文件)。

作者:约瑟夫·R博伊德(aut (cre)

维护人员:约瑟夫·博伊德R < jrboyd uvm.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“seqsetvis”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“seqsetvis”)

HTML	R脚本	和用例概述
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ChIPSeq,MultipleComparison,测序,软件,可视化
版本	1.19.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6),ggplot2
进口	cowplot,data.table,eulerr,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicRanges,ggplotify、grDevices、网格IRanges,limma、方法、pbapply,pbmcapply,png,RColorBrewer,Rsamtools,rtracklayer,S4Vectors统计数据,UpSetR
链接
建议	BiocFileCache,BiocManager,BiocStyle,ChIPpeakAnno,covr,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	seqsetvis_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	seqsetvis_1.19.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	seqsetvis_1.19.0.tgz
macOS二进制(arm64)	seqsetvis_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqsetvis
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ seqsetvis
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/seqsetvis/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/seqsetvis/
包下载报告	下载数据