seqbias

DOI:10.18129 / B9.bioc.seqbias

这是发展seqbias版本;稳定的发布版本,请参阅seqbias。

高通量测序数据估计per-position的偏见

Bioconductor版本:发展(3.17)

这个包实现per-position测序偏见在高通量测序数据的模型使用一个简单的贝叶斯网络结构和参数的一组训练阅读和参考基因组序列一致。

作者:丹尼尔琼斯< djones3 fredhutch.org >

维护人员:丹尼尔琼斯< djones3 fredhutch.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“seqbias”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“seqbias”)

PDF	R脚本	评估和调整技术的偏见在高通量测序数据
PDF		参考手册

细节

biocViews	测序,软件
版本	1.47.0
Bioconductor自	BioC 2.8 (r - 2.13)(12年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (> = 3.0.2),GenomicRanges(> = 0.1.0),Biostrings(> = 2.15.0)方法
进口
链接	Rhtslib(> = 1.99.1),zlibbioc
建议	Rsamtools,ggplot2
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
取决于我	ReQON
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	seqbias_1.47.0.tar.gz
Windows二进制	seqbias_1.47.0.zip
macOS二进制(x86_64)	seqbias_1.47.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqbias
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ seqbias
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/seqbias/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/seqbias/
包下载报告	下载数据