这是发展seqLogo版本;稳定的发布版本,请参阅seqLogo。
Bioconductor版本:发展(3.17)
seqLogo需要位置权重矩阵的一个DNA序列的主题和情节的相应序列标识引入施耐德和史蒂芬斯(1990)。
作者:奥利弗Bembom (aut),罗伯特·Ivanek (aut (cre)
维护人员:罗伯特Ivanek <罗伯特。在unibas.ch ivanek >
从内部引用(R,回车引用(“seqLogo”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“seqLogo”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“seqLogo”)
HTML | R脚本 | DNA序列比对的序列标识 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | SequenceMatching,软件 |
版本 | 1.65.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.0 (r - 2.5)(15.5年) |
许可证 | LGPL (> = 2) |
取决于 | R(> = 4.2)、方法、网格 |
进口 | stats4, grDevices |
链接 | |
建议 | knitr,BiocStyle,rmarkdown,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
BugReports | https://github.com/ivanek/seqLogo/issues |
取决于我 | generegulation,rGADEM |
进口我 | 感兴趣,PWMEnrich,rGADEM,riboSeqR,分裂,TFBSTools |
建议我 | BCRANK,DiffLogo,igvR,MAGAR,motifcounter,MotifDb,universalmotif |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | seqLogo_1.65.0.tar.gz |
Windows二进制 | seqLogo_1.65.0.zip |
macOS二进制(x86_64) | seqLogo_1.65.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | seqLogo_1.65.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqLogo |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ seqLogo |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/seqLogo/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/seqLogo/ |
包下载报告 | 下载数据 |