seqArchRplus

DOI:10.18129 / B9.bioc.seqArchRplus

这是发展seqArchRplus版本;稳定的发布版本,请参阅seqArchRplus。

启动子序列的下游分析架构和HTML报告生成

Bioconductor版本:发展(3.18)

seqArchRplus促进下游的启动子序列分析架构/集群被seqArchR(或任何其他工具/方法)。与TPM等额外的可用信息价值和interquantile宽度(IQWs)笼标签集群,seqArchRplus可以命令输入子簇的形状(IQWs),并编写集群信息浏览器/ IGV跟踪文件。提供可视化的两种:每个样本/舞台,每个集群可视化。那些第一类包括:阴谋每个集群每个样本显示面板形状,TPM和其他分数分布,序列标识,和峰值注释。第二个包括每个集群chromosome-wise和链分布,主题出现的热图,充实。此外,seqArchRplus还可以生成HTML报告,以便查看和比较样本之间的启动子架构/阶段。

作者:Sarvesh Nikumbh (cre, aut cph]

维护人员:Sarvesh Nikumbh < Sarvesh。在gmail.com nikumbh >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“seqArchRplus”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“seqArchRplus”)

HTML	R脚本	seqArchRplus促进下游分析启动子序列的集群架构
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,聚类,去,MotifAnnotation,ReportWriting,软件,可视化
版本	1.1.3
Bioconductor自	BioC 3.17 (r - 4.3)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2),GenomicRanges,IRanges,S4Vectors
进口	BiocParallel,Biostrings,BSgenome,ChIPseekercli,clusterProfilercowplot factoextra,GenomeInfoDbggplot2 ggimage,图形、grDevices gridExtra,的热图魔法,方法、RColorBrewer尺度,seqArchR,seqPattern统计,跑龙套
链接
建议	BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6,BiocStyle,篮球选手(> = 2.0.2)、covr knitr (> = 1.22),org.Dm.eg.db、pdftools rmarkdown (> = 1.12), slickR,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene,xfun
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/snikumbh/seqArchRplus
BugReports	https://github.com/snikumbh/seqArchRplus/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	seqArchRplus_1.1.3.tar.gz
Windows二进制	seqArchRplus_1.1.3.zip
macOS二进制(x86_64)	seqArchRplus_1.1.3.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqArchRplus
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ seqArchRplus
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/seqArchRplus/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/seqArchRplus/
包下载报告	下载数据