seqArchR

DOI:10.18129 / B9.bioc.seqArchR

这是发展seqArchR版本;稳定的发布版本,请参阅seqArchR。

序列元素的识别不同的体系结构

Bioconductor版本:发展(3.18)

seqArchR使无监督发现_de novo_集群特征序列结构特点是position-specific图案或绵延的核苷酸组成,例如,CG-richness。seqArchR _not_是否需要任何规格w.r.t.集群的数量,任何个人图案的长度,或者图案之间的距离如果他们发生在双/组;它直接从数据检测。seqArchR使用非负矩阵分解(NMF)为骨干,并雇佣chunking-based迭代过程,使有效地处理大型序列集合。包装器函数提供了可视化集群架构序列标识。

作者:Sarvesh Nikumbh (cre, aut cph]

维护人员:Sarvesh Nikumbh < Sarvesh。在gmail.com nikumbh >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“seqArchR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“seqArchR”)

HTML	R脚本	例子使用_seqArchR_模拟DNA序列
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,DNASeq,DimensionReduction,FeatureExtraction,GeneRegulation,遗传学,MathematicalBiology,MotifDiscovery,软件,SystemsBiology,转录组
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	GPL-3 |文件许可证
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	跑龙套、图形cvTools(> = 0.3.2),质量矩阵,方法,属性,集群,matrixStats, fpc, cli, prettyunits, reshape2(> = 3),网状(> = 1.22),BiocParallel,Biostrings、grDevices ggplot2 (> = 3.1.1) ggseqlogo (> = 0.1)
链接
建议	cowplot,hopach(> = 2.42.0),BiocStyleknitr (> = 1.22), rmarkdown (> = 1.12), testthat (> = 3.0.2) covr, vdiffr (> = 0.3.0)
SystemRequirements	Python (> = 3.5), scikit-learn(> = 0.21.2),包装
增强了
URL	https://snikumbh.github.io/seqArchR/https://github.com/snikumbh/seqArchR
BugReports	https://github.com/snikumbh/seqArchR/issues
取决于我
进口我	seqArchRplus
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	seqArchR_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	seqArchR_1.5.0.zip
macOS二进制(x86_64)	seqArchR_1.5.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqArchR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ seqArchR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/seqArchR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/seqArchR/
包下载报告	下载数据