seq2pathway

DOI:10.18129 / B9.bioc.seq2pathway

这是发展seq2pathway版本;稳定的发布版本,请参阅seq2pathway。

小说的工具功能的基因簇(或称为通路)下一代测序数据的分析

Bioconductor版本:发展(3.18)

Seq2pathway是一种新型的工具功能基因片段(或称为通路)下一代测序数据的分析,包括“seq2gene”和“gene2path”组件。seq2gene链接sequence-level基因组区域的测量(包括单核苷酸多态性或点突变坐标)能够得分,和分数为每个样本pathway-scores gene2pathway总结基因。seq2gene分配这两个编码的可行性和non-exon地区更广泛的比只最近的一个相邻的基因,从而促进功能的非编码区域的研究。gene2pathway考虑的数量意义为通路中的基因成员相比以外的一个途径。seq2pathway的输出是一个总体结构量化pathway-level分数,从而允许一个功能解释RNA-seq等数据集,ChIP-seq GWAS,来自其他第二代测序实验。

作者:杨新安< xyang2 uchicago.edu >;本王< binw uchicago.edu >

维护人员:Arjun Kinstlick < akinstlick uchicago.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“seq2pathway”)

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文档

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PDF	R脚本	R包序列
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文本		新闻

细节

biocViews	软件
版本	1.33.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(8年)
许可证	GPL-2
取决于	R(> =操作)
进口	nnet WGCNA, GSA,biomaRt,GenomicRanges,seq2pathway.data
链接
建议
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增强了
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取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	seq2pathway_1.33.0.tar.gz
Windows二进制	seq2pathway_1.33.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	seq2pathway_1.33.0.tgz
macOS二进制(arm64)	seq2pathway_1.33.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seq2pathway
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ seq2pathway
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/seq2pathway/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/seq2pathway/
包下载报告	下载数据