裂殖体

DOI:10.18129 / B9.bioc.segmenter

这是发展版本的裂殖体;稳定的发布版本,请参阅裂殖体。

通过调用ChromHMM执行染色质细分分析R

Bioconductor版本:发展(3.17)

染色质细分分析基因组ChIP-seq数据转换成信号。后者代表观察到的州在多元马尔可夫模型预测染色质的基本状态。组蛋白的化学修饰ChromHMM,用Java编写的,集成了数据集的学习新创染色质状态。这个包的目的是叫chromHMM在R,捕捉S4的输出文件对象和接口相关Bioconductor分析工具。此外,裂殖体提供了功能测试,选择和可视化的输出分割。

作者:马哈茂德•艾哈迈德(aut (cre)

维修工:马哈茂德•艾哈迈德< mahmoud.s。法米在students.kasralainy.edu.eg >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“裂殖体”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“裂殖体”)

HTML	R脚本	染色质分割使用裂殖体分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	HistoneModification,软件
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	ChIPseeker,GenomicRanges,SummarizedExperiment,IRanges,S4Vectors,bamsignals,ComplexHeatmap、图表、数据、跑龙套、方法chromhmmData
链接
建议	testthat,knitr,rmarkdown,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,Gviz
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/MahShaaban/segmenter/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	segmenter_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	segmenter_1.5.0.zip
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)	segmenter_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/segmenter
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/裂殖体
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/segmenter/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/segmenter/
包下载报告	下载数据