segmentSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.segmentSeq

这是发展segmentSeq的版本;稳定版请参见segmentSeq．

从高通量测序数据中识别小RNA位点的方法

Bioconductor版本:开发(3.17)

高通量测序技术允许生产大量的短序列，这些短序列可以与基因组对齐，以创建一组与基因组匹配的序列。通过寻找基因组中有高密度匹配的区域，我们可以推断出基因组的分割为具有生物学意义的区域。这个包中的方法允许同时分割来自多个样本的数据，考虑到复制数据，以创建一个一致的分割。这在许多类型的测序实验中有明显的应用，特别是在小RNA位点的发现和新的mRNA转录组的发现方面。

作者:Thomas J. Hardcastle

维护者:Thomas J. Hardcastle

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("segmentSeq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	对齐，DataImport，DifferentialExpression，MultipleComparison，质量控制，测序，软件
版本	2.33.0
在Bioconductor	BioC 2.6 (R-2.11)(12.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R(>= 3.0.0)，方法，baySeq(> = 2.9.0),S4Vectors平行,GenomicRanges，ShortRead,统计数据
进口	Rsamtools，IRanges，GenomeInfoDb，图形，grDevices, utils，abind
链接
建议	BiocStyle，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/segmentSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/segmentSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/segmentSeq/
软件包下载报告	下载数据