天窗

DOI:10.18129 / B9.bioc.scuttle

这是发展版本的天窗;稳定的发布版本,请参阅天窗。

单细胞RNA-Seq分析工具

Bioconductor版本:发展(3.16)

提供基本的效用函数进行单细胞分析,关注简单的标准化、质量控制和数据转换。还提供了一些辅助功能,协助其他包的发展。

作者:亚伦Lun (aut (cre),戴维斯麦卡锡(aut)

维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“天窗”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“天窗”)

HTML	R脚本	1。质量控制
HTML	R脚本	2。归一化
HTML	R脚本	3所示。其他功能
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,GeneExpression,ImmunoOncology,归一化,预处理,质量控制,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.7.2
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	SingleCellExperiment
进口	方法,跑龙套,统计数据,矩阵,Rcpp,BiocGenerics,S4Vectors,BiocParallel,GenomicRanges,SummarizedExperiment,DelayedArray,DelayedMatrixStats,beachmat
链接	Rcpp,beachmat
建议	BiocStyle,knitr,scRNAseq,rmarkdown,testthat,食物
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
取决于我	嘘,食物
进口我	基础知识,后面;,DropletUtils,火焰,imcRtools,米娅,mumosa,马斯喀特,scDblFinder,singleCellTK,spatialHeatmap,伶盗龙
建议我	咆哮,HCAData,miloR,MouseThymusAgeing,单,飞溅,TSCAN
我的链接	DropletUtils,食物
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scuttle_1.7.2.tar.gz
Windows二进制	scuttle_1.7.2.zip
macOS 10.13(高山脉)	scuttle_1.7.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scuttle
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/天窗
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scuttle/
包下载报告	下载数据