用水晶球占卜

DOI:10.18129 / B9.bioc.scry

这是发展scry的版本;稳定版请参见用水晶球占卜．

高维数据的小计数分析方法

Bioconductor版本:开发(3.16)

许多现代生物数据集是由小的计数组成的，这些小的计数不能被标准的线性-高斯方法(如主成分分析)很好地拟合。这个包提供了基于计数的特征选择和降维算法的实现。这些方法可用于促进任何高维数据(如单细胞RNA-seq)的无监督分析。

作者:Kelly Street [aut, cre]， F. William Townes [aut, cph]， Davide Risso [aut]， Stephanie Hicks [aut]

维护者:Kelly Street < Street。凯利在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("scry")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“用水晶球占卜”)

超文本标记语言	R脚本	Scry方法概述
超文本标记语言	R脚本	用于较大数据集的Scry方法
PDF		参考手册

细节

biocViews	DimensionReduction，GeneExpression，归一化，PrincipalComponent，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组
版本	1.9.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 4.0)，统计，方法
进口	DelayedArray，glmpca(> = 0.2.0),HDF5Array，矩阵，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，BiocSingular
链接
建议	减价，BiocGenerics，covr，DuoClustering2018，ggplot2，knitr，rmarkdown，TENxPBMCData，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/scry.html
BugReports	https://github.com/kstreet13/scry/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	scry_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	scry_1.9.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	scry_1.9.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scry
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scry
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scry/
软件包下载报告	下载数据