颈背

DOI:10.18129 / B9.bioc.scruff

这是发展版的后颈;稳定的发布版本,请参阅颈背。

单细胞RNA-Seq UMI过滤主持人(颈背)

Bioconductor版本:发展(3.14)

管道的进程单细胞RNA-seq (scRNA-seq)读取CEL-seq和CEL-seq2协议。分工scRNA-seq FASTQ文件,读取对齐使用Rsubread参考基因组,并生成UMI过滤数矩阵。还提供了可视化的读取比对和预处理和post-alignment质量控制指标。

作者:哲王(aut (cre) Junming胡锦涛(aut),约书亚·坎贝尔(aut)

维护人员:哲王<哲bu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(颈背)

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文档

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HTML	R脚本	过程单细胞RNA-Seq使用颈背读
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文本		许可证

细节

biocViews	对齐,ImmunoOncology,预处理,质量控制,RNASeq,测序,SingleCell,软件,技术,可视化,WorkflowStep
版本	1.11.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	data.table,GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomicRanges,Rsamtools,ShortRead平行,plyr,BiocGenerics,BiocParallel,S4Vectors,AnnotationDbi,Biostrings、方法、ggplot2,ggthemes,尺度,GenomeInfoDb,stringdist,ggbio,rtracklayer,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,Rsubread
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/campbio/scruff/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scruff_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	scruff_1.11.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	scruff_1.11.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scruff
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/颈背
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scruff/
包下载报告	下载数据