scoreInvHap

DOI:10.18129 / B9.bioc.scoreInvHap

这是发展scoreInvHap的版本;稳定版请参见scoreInvHap．

获取预定义区域的反转状态

Bioconductor版本:开发(3.17)

scoreInvHap可以得到已知反演样本的反演状态。scoreInvHap使用SNP数据作为输入，需要以下关于反演的信息:不同单倍型的基因型频率、区域SNP与反演状态之间的R2以及参考中的杂合子基因型。该包包含21个逆序的数据。

作者:Carlos Ruiz [aut]， Dolors Pelegrí [aut]， Juan R. Gonzalez [aut, cre]

维持器:Dolors Pelegri-Siso < Dolors。Pelegri在isglobal.org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("scoreInvHap")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“scoreInvHap”)

超文本标记语言	R脚本	用scoreInvHap进行基因分型
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	遗传学，GenomicVariation，单核苷酸多态性，软件
版本	1.21.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	Biostrings、方法、snpStats，VariantAnnotation，GenomicRanges，BiocParallel、图形、SummarizedExperiment
链接
建议	testthat，knitr，BiocStyle，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	scoreInvHap_1.21.0.tar.gz
Windows二进制	scoreInvHap_1.21.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	scoreInvHap_1.21.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	scoreInvHap_1.21.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scoreInvHap
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scoreInvHap
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scoreInvHap/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scoreInvHap/
软件包下载报告	下载数据