scmap

DOI:10.18129 / B9.bioc.scmap

这是发展scmap版本;稳定的发布版本,请参阅scmap。

无监督的工具单细胞RNA-seq数据的投影

Bioconductor版本:发展(3.17)

单细胞RNA-seq (scRNA-seq)被广泛用于研究复杂的复合组织自技术允许研究人员定义使用无监督聚类转录组的细胞类型。然而,由于不同的实验方法和计算分析,通常是具有挑战性的直接比较确定的细胞在两个不同的实验。scmap方法将细胞从scRNA-seq实验确定的细胞类型或单个细胞在不同的实验。

作者:弗拉基米尔Kiselev

维护人员:弗拉基米尔Kiselev < vladimir.yu。在gmail.com kiselev >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“scmap”)

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HTML	R脚本	“scmap”包装饰图案
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文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类,DataImport,DataRepresentation,GeneExpression,ImmunoOncology,预处理,RNASeq,测序,SingleCell,软件,SupportVectorMachine,转录,转录组,可视化
版本	1.21.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4)
进口	Biobase,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,BiocGenerics,S4Vectors,dplyr,reshape2,matrixStats,代理跑龙套,googleVis,ggplot2、方法、统计数据e1071,randomForest,Rcpp(> = 0.12.12)
链接	Rcpp,RcppArmadillo
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/hemberg-lab/scmap
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/scmap/
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scmap_1.21.0.tar.gz
Windows二进制	scmap_1.21.0.zip
macOS二进制(x86_64)	scmap_1.21.0.tgz
macOS二进制(arm64)	scmap_1.21.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scmap
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scmap
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scmap/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scmap/
包下载报告	下载数据