scif里面

DOI:10.18129 / B9.bioc.scifer

这是发展scif的版本;稳定的发布版本,请参阅scif里面。

scif:单细胞免疫球蛋白的过滤桑格序列

Bioconductor版本:发展(3.18)

你有没有指数排序细胞96或384孔板然后测序利用Sanger测序吗?如果是这样,你可能有一些挣扎,要么手动检查每个单元的electropherogram测序,或当你试图确定哪些细胞是排序后测序。scif开发解决这个问题通过执行桑格序列的基本质量控制和合并流式细胞仪的数据探测单细胞测序数据排序的B细胞。scif里面可以导出汇总表,fasta文件,重复进行目视检查,并生成报告。

作者:罗德里戈Arcoverde Cerveira (cre aut, cph]Sebastian Ols (aut (dtc)黑色,卡琳传说(dtc)

维护人员:罗德里戈Arcoverde Cerveira <罗德里戈。在gmail.com arcoverdi >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“scif里面”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“scif里面”)

HTML	R脚本	使用scif过滤单细胞排序B细胞受体(BCR)桑格序列
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	FlowCytometry,预处理,质量控制,SangerSeq,测序,SingleCell,软件
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口	dplyr、rmarkdown data.table,Biostrings、并行数据,plyr、knitr ggplot2, gridExtra,解读stringr,sangerseqRrlang kableExtra宠物猫,尺度,flowCore、方法
链接
建议	fs,BiocStyletestthat (> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/rodrigarc/scifer
BugReports	https://github.com/rodrigarc/scifer/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scifer_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	scifer_1.3.0.zip
macOS二进制(x86_64)	scifer_1.3.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scifer
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scif里面
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scifer/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scifer/
包下载报告	下载数据