sccomp

DOI:10.18129 / B9.bioc.sccomp

这是发展sccomp版本;稳定的发布版本,请参阅sccomp。

健壮的Outlier-aware估计为单细胞数据组成和异质性

Bioconductor版本:发展(3.18)

一个健壮的和outlier-aware方法测试从单细胞数据微分组织组成。这个模型可以推断出组织成分和异质性的变化,和能产生真实的数据模拟基于任何现有的数据集。这个模型还可以把知识从一个大组集成的数据集,可以进一步提高精度。

作者:斯特凡诺Mangiola (aut (cre)

维护人员:斯特凡诺Mangiola < mangiolastefano gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“sccomp”)

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文档

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HTML	R脚本	sccomp包的概述
PDF		参考手册

细节

biocViews	聚类,GeneExpression,ImmunoOncology,归一化,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	方法,Rcpp (> = 0.12.0) RcppParallel (> = 5.0.1) rstantools (> = 2.1.1) rstan (> = 2.18.1) SeuratObject,SingleCellExperiment、平行、dplyr tidyr、purrr magrittr, rlang,宠物猫,引导、生命周期、数据,tidyselect,跑龙套,ggplot2, ggrepel,东拼西凑,forcats, readr,尺度,stringr、胶水
链接	黑洞(> = 1.66.0)Rcpp (> = 0.12.0) RcppEigen (> = 0.3.3.3.0) RcppParallel (> = 5.0.1) rstan (> = 2.18.1) StanHeaders (> = 2.18.0)
建议	BiocStyletestthat(> = 3.0.0)、减价、knitr, tidyseurat,tidySingleCellExperiment,厕所
SystemRequirements	GNU使
增强了	furrr, extraDistr
URL	https://github.com/stemangiola/sccomp
BugReports	https://github.com/stemangiola/sccomp/issues
取决于我
进口我
建议我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	sccomp_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	sccomp_1.5.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	sccomp_1.5.0.tgz
macOS二进制(arm64)	sccomp_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sccomp
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ sccomp
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/sccomp/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sccomp/
包下载报告	下载数据