嘘

DOI:10.18129 / B9.bioc.scater

这是发展拟声唱法的版本;稳定的发布版本,请参阅嘘。

单细胞分析工具箱在R基因表达数据

Bioconductor版本:发展(3.16)

一组工具做各种单细胞RNA-seq基因表达数据的分析,重点是质量控制和可视化。

作者:戴维斯麦卡锡(aut),基兰·坎贝尔(aut),亚伦Lun (aut,施莱),五胞胎遗嘱(aut),弗拉基米尔·Kiselev[所有],菲利克斯通用恩斯特(施),艾伦·奥卡拉汉(施,cre)

维修工:艾伦·奥卡拉汉<阿兰。在outlook.com ocallaghan >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“嘘”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“嘘”)

HTML	R脚本	拟声唱法功能的概述
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道,DataImport,DataRepresentation,DimensionReduction,GeneExpression,ImmunoOncology,基础设施,归一化,预处理,质量控制,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组,可视化
版本	1.25.7
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	SingleCellExperiment,天窗,ggplot2
进口	统计数据、跑龙套、方法、网格gridExtra,矩阵,BiocGenerics,S4Vectors,SummarizedExperiment,DelayedArray,DelayedMatrixStats,beachmat,BiocNeighbors,BiocSingular,BiocParallel,rlang,ggbeeswarm,冬青,Rtsne,RColorBrewer,RcppML,uwot,pheatmap,ggrastr,ggrepel
链接
建议	BiocStyle,一口,cowplot,biomaRt,knitr,scRNAseq,robustbase,rmarkdown,testthat,Biobase
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/scater/
BugReports	https://support.bioconductor.org/
取决于我	netSmooth
进口我	airpart,BayesSpace,催化剂,celda,CelliD,CellMixS,ChromSCape,conclus,截然不同的,火焰,IRISFGM,米娅,miaViz,马斯喀特,peco,pipeComp,scDblFinder,scPipe,scTreeViz,singleCellTK,猎犬,spatialHeatmap,spatialLIBD,飞溅,三轮车,VAExprs
建议我	APL,后面;,咆哮,CellaRepertorium,CellTrails,Cepo,CiteFuse,科拉尔,curatedMetagenomicData,dittoSeq,DuoClustering2018,ExperimentSubset,fcoex,ggspavis,Glimma,HCAData,InteractiveComplexHeatmap,iSEE,iSEEhex,iSEEu,M3Drop,桅杆,mbkmeans,miloR,miQC,单片眼镜,MuData,mumosa,muscData,Nebulosa,netDx,SC3,SCArray,scds,schex,散粒,scMerge,司康饼,scp,食物,scRepertoire,simpleSingleCell,SingleCellMultiModal,单,激流回旋,关注的焦点,standR,SummarizedBenchmark,TabulaMurisData,tidySingleCellExperiment,traviz,肺结核,UCell,伶盗龙,waddR
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scater_1.25.7.tar.gz
Windows二进制	scater_1.25.7.zip
macOS二进制(x86_64)	scater_1.25.7.tgz
macOS二进制(arm64)	scater_1.25.7.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scater
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/走开
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scater/
包下载报告	下载数据