Scanmirapp

doi：10.18129/b9.bioc.scanmirapp

这是发展Scanmirapp的版本；对于稳定版本，请参阅Scanmirapp。

Scanmir Shiny应用程序

生物导体版本：开发（3.16）

Scanmir软件包的闪亮界面。该应用程序可以扫描miRNA结合位点的转录本和自定义序列，KDModels的可视化和结合结果以及浏览预测的抑制数据。此外，包含用于快速索引大型基因组或数据的索引级类别。Frames，以及一些用于促进扫描和识别富集的miRNA-target对的实用程序。

作者：Pierre-Luc Germain [CRE，AUT]，Michael Soutschek [AUT]，Fridolin Gross [CTB]

维护者：Pierre-Luc Germain

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ scanmirapp”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Scanmirapp”）

html	R脚本	indexedfst
html	R脚本	Scanmirapp
PDF		参考手册

细节

生物浏览	GUI，，，，测序，，，，软件，，，，mirna
版本	1.3.0
在生物导体中	Bioc 3.14（R-4.1）（1年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.0）
进口	AnnotationDbi，，，，AnnotationFilter，，，，AnnotationHub，，，，生物比较，，，，生物弦，，，，Data.Table，，，，消化，，，，DT，，，，Ensembldb，，，，FST，，，，GenomeInfodB，，，，GenomicFeatures，，，，基因组机，，，，GGPLOT2，，，，htmlwidgets，，，，iranges，，，，矩阵， 方法，情节，，，，Rintrojs，，，，rtracklayer，，，，S4VECTORS，，，，Scanmir，，，，Scanmirdata，，，，闪亮的，，，，Shinycsssloaders，，，，发光的dashboard，，，，Shinyjqui，统计，utils，服务员
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，测试（> = 3.0.0），发抖的测试，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10，，，，bsgenome.rnorvegicus.ucsc.rn6
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	scanmirapp_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	scanmirapp_1.3.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	scanmirapp_1.3.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scanmirapp
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/scanmirapp
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/scanmirapp/
软件包下载报告	下载统计