scanMiR

DOI:10.18129 / B9.bioc.scanMiR

这是发展scanMiR版本;稳定的发布版本,请参阅scanMiR。

scanMiR

Bioconductor版本:发展(3.17)

一组工具处理microrna的关联模型(KdModels),有效扫描microrna的结合位点,并预测目标镇压。它支持扫描使用microrna的种子,完整的microrna的序列(启用3 '对齐)和KdModels,包括切片和TDMD网站的预测。最后,它包括工具和绘图功能的可视化表示形式(例如miRNA-target对齐)。

作者:Pierre-Luc日尔曼(aut),迈克尔Soutschek (aut) Fridolin总值(cre, aut)

维护人员:Fridolin总值< fridoling hotmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“scanMiR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“scanMiR”)

HTML	R脚本	1 _scanning
HTML	R脚本	2 _kdmodels
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,SequenceMatching,软件,microrna的
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0)
进口	Biostrings,GenomicRanges,IRanges,data.table,BiocParallel、方法、GenomeInfoDb,S4Vectors,ggplot2统计数据,stringi、跑龙套、图形、网格ggseqlogo,cowplot
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	scanMiRApp,scanMiRData
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scanMiR_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	scanMiR_1.5.0.zip
macOS二进制(x86_64)	scanMiR_1.5.0.tgz
macOS二进制(arm64)	scanMiR_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scanMiR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scanMiR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scanMiR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scanMiR/
包下载报告	下载数据