scTreeViz

DOI:10.18129 / B9.bioc.scTreeViz

这是发展scTreeViz版本;稳定的发布版本,请参阅scTreeViz。

R / Bioconductor包交互式地探索和可视化单细胞RNA-seq数据集与hierarhical注释

Bioconductor版本:发展(3.16)

scTreeViz提供类来支持交互式数据聚合和单细胞RNA-seq数据集的可视化与层次结构如细胞集群在不同的决议。TreeIndex的类提供了方法来管理层次和分裂树在给定分辨率或决议。“TreeViz”类扩展了“SummarizedExperiment”和可以执行快速聚合计算矩阵定义的集群。

作者:Jayaram Kancherla (aut (cre),赫克托耳Corrada布拉沃(aut) Kazi斯Zinat (aut),斯蒂芬妮·希克斯(aut)

维护人员:Jayaram Kancherla < Jayaram。在gmail.com kancherla >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“scTreeViz”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“scTreeViz”)

HTML	R脚本	使用scTreeViz探索数据
PDF		参考手册

细节

biocViews	GUI,基础设施,SingleCell,软件,可视化
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 4.0),方法,epivizr,SummarizedExperiment
进口	data.table,S4Vectors,消化,矩阵,Rtsne,httr,igraph,clustree,食物,sys,epivizrData,epivizrServer,ggraph,嘘,修拉,SingleCellExperiment,ggplot2统计,跑龙套
链接
建议	knitr,BiocStyle,testthat,SC3,scRNAseq,rmarkdown,msd16s,metagenomeSeq,epivizrStandalone,GenomeInfoDb
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scTreeViz_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	scTreeViz_1.3.0.zip
macOS二进制(x86_64)	scTreeViz_1.3.0.tgz
macOS二进制(arm64)	scTreeViz_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scTreeViz
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scTreeViz
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scTreeViz/
包下载报告	下载数据