sctensor

doi：10.18129/b9.bioc.sctensor

这是发展Sctensor的版本；对于稳定版本，请参阅sctensor。

通过张量分解从单细胞RNA-seq数据集中检测细胞细胞相互作用

生物导体版本：开发（3.16）

该算法基于Nntensor的非负塔克分解（NTD2）。

作者：Koki Tsuyuzaki [AUT，CRE]，Kozo Nishida [aut]

维护者：koki tsuyuzaki

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ sctensor”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ sctensor”）

html	R脚本	sctensor
html	R脚本	SCTENSOR：1。数据格式和ID转换
html	R脚本	SCTENSOR：2。HTML报告的解释
html	R脚本	SCTENSOR：3。CCI的模拟
html	R脚本	SCTENSOR：4。重新分析Sctensor的结果
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	维度，，，，基因表达，，，，Singlecell，，，，软件
版本	2.7.0
在生物导体中	Bioc 3.9（R-3.6）（3.5岁）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 4.1.0）
进口	方法，rsqlite，，，，Igraph，，，，S4VECTORS，，，，情节，，，，Reactome.db，，，，AnnotationDbi，，，，总结性特征，，，，Singlecellexperiment，，，，nntensor（> = 1.1.5），cctensor（> = 1.0.2），rtensor（> = 1.4.8），艾宾，，，，plotrix，，，，热图，，，，标签云，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，尼特，，，，AnnotationHub，，，，Meshdbi（> = 1.29.2），grdevices，图形，统计，utils，异常值，，，，类别，，，，MESHR（> = 1.99.1），gostats，，，，Reactomepa，，，，剂量，，，，蜡笔，，，，检查员，，，，生物管理器，，，，Visnetwork，，，，Schex，，，，GGPLOT2
链接
建议	测试，，，，lrbasedbi，，，，Seurat，，，，sctgif，，，，同性恋
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	sctensor_2.7.0.tar.gz
Windows二进制	sctensor_2.7.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	sctensor_2.7.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sctensor
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/sctensor
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/sctensor/
软件包下载报告	下载统计