sctensor

doi:10.18129/b9.bioc.sctensor

这是发展Sctensor的版本;对于稳定版本,请参阅sctensor

通过张量分解从单细胞RNA-seq数据集中检测细胞细胞相互作用

生物导体版本:开发(3.16)

该算法基于Nntensor的非负塔克分解(NTD2)。

作者:Koki Tsuyuzaki [AUT,CRE],Kozo Nishida [aut]

维护者:koki tsuyuzaki

引用(从r内,输入引用(“ sctensor”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version = devel ='devel')biocmanager :: install(“ sctensor”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ sctensor”)

html R脚本 sctensor
html R脚本 SCTENSOR:1。数据格式和ID转换
html R脚本 SCTENSOR:2。HTML报告的解释
html R脚本 SCTENSOR:3。CCI的模拟
html R脚本 SCTENSOR:4。重新分析Sctensor的结果
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 维度,,,,基因表达,,,,Singlecell,,,,软件
版本 2.7.0
在生物导体中 Bioc 3.9(R-3.6)(3.5岁)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 4.1.0)
进口 方法,rsqlite,,,,Igraph,,,,S4VECTORS,,,,情节,,,,Reactome.db,,,,AnnotationDbi,,,,总结性特征,,,,Singlecellexperiment,,,,nntensor(> = 1.1.5),cctensor(> = 1.0.2),rtensor(> = 1.4.8),艾宾,,,,plotrix,,,,热图,,,,标签云,,,,rmarkDown,,,,生物使用,,,,尼特,,,,AnnotationHub,,,,Meshdbi(> = 1.29.2),grdevices,图形,统计,utils,异常值,,,,类别,,,,MESHR(> = 1.99.1),gostats,,,,Reactomepa,,,,剂量,,,,蜡笔,,,,检查员,,,,生物管理器,,,,Visnetwork,,,,Schex,,,,GGPLOT2
链接
建议 测试,,,,lrbasedbi,,,,Seurat,,,,sctgif,,,,同性恋
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 sctensor_2.7.0.tar.gz
Windows二进制 sctensor_2.7.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) sctensor_2.7.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sctensor
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/sctensor
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/sctensor/
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