scRepertoire

DOI:10.18129 / B9.bioc.scRepertoire

这是发展scRepertoire版本;稳定的发布版本,请参阅scRepertoire。

单细胞分析免疫受体的工具包

Bioconductor版本:发展(3.18)

scRepertoire建成过程数据来自10 x基因免疫分析铬的t细胞受体(TCR)和免疫球蛋白(Ig)浓缩工作流和随后与流行的修和交互SingleCellExperiment R包。它还允许通用分析单细胞clonotype信息表达不使用信息。包的功能作为Startrac包装和powerTCR R包。

作者:尼克Borcherding (aut (cre)

维护人员:尼克Borcherding < ncborch gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“scRepertoire”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“scRepertoire”)

HTML	R脚本	使用scRepertoire
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,分类,ImmunoOncology,测序,SingleCell,软件
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL-2
取决于	ggplot2 R (> = 4.0)
进口	stringdist、dplyr reshape2、ggalluvial stringr,素食,powerTCR,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,平行plyr doParallel、方法、效用,rlang, igraph, ggraph, tidygraph SeuratObject
链接
建议	knitr rmarkdown,BiocStylecirclize尺度,修拉,嘘
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scRepertoire_1.9.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scRepertoire
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scRepertoire
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scRepertoire/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scRepertoire/
包下载报告	下载数据