scPipe

DOI:10.18129 / B9.bioc.scPipe

这是发展scPipe的版本;稳定版请参见scPipe．

用于单细胞多组数据预处理的管道

Bioconductor版本:开发(3.17)

单细胞RNA-seq/ATAC-seq数据的预处理管道，从fastq文件开始，并产生带有相关质量控制信息的特征计数矩阵。它可以处理由CEL-seq, MARS-seq, Drop-seq, Chromium 10x和SMART-seq协议生成的fastq数据。

作者:田鲁一[aut]，苏Shian [aut, cre]， Shalin Naik [ctb]， Shani Amarasinghe [aut]， Oliver Voogd [aut]， Phil Yang [aut]， Matthew Ritchie [ctb]

维护者:Shian Su < Su。S at wehi.edu.au>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("scPipe")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“scPipe”)

超文本标记语言	R脚本	scPipe:用于3'端scRNA-seq数据的灵活数据预处理管道
超文本标记语言	R脚本	scPipe:用于单单元数据的灵活的数据预处理管道
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文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，GeneExpression，GenomeAnnotation，ImmunoOncology，预处理，质量控制，RNASeq，SequenceMatching，测序，SingleCell，软件，可视化
版本	1.99.2
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 4.2.0)，SingleCellExperiment
进口	AnnotationDbi，蛇怪，BiocGenerics，biomaRt，Biostrings，data.table，dplyr，DropletUtils，flexmix，GenomicRanges，GenomicAlignments，GGally，ggplot2，胶水(>= 1.3.0)， grDevices，图形，哈希，IRanges，magrittr，质量，矩阵(> = 1.5.0),mclust、方法、MultiAssayExperiment，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，purrr，Rcpp(> = 0.11.3),重塑，网状，Rhtslib，rlang，robustbase，Rsamtools，Rsubread，rtracklayer，SummarizedExperiment，S4Vectors，尺度统计数据,stringr，宠物猫，tidyr，工具，utils
链接	Rcpp，Rhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc，testthat
建议	BiocStyle，DT，GenomicFeatures、网格igraph，kableExtra，knitr，locStra，情节，rmarkdown，RColorBrewer，readr，reshape2，RANN，闪亮的，嘘(> = 1.11.0),testthat，xml2，umap
SystemRequirements	c++ 11, GNU制作
增强了
URL	https://github.com/LuyiTian/scPipe
BugReports	https://github.com/LuyiTian/scPipe
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	scPipe_1.99.2.tar.gz
Windows二进制	scPipe_1.21.1.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	scPipe_1.21.1.tgz
macOS二进制文件(arm64)	scPipe_1.99.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scPipe
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scPipe
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scPipe/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scPipe/
软件包下载报告	下载数据