scMerge

DOI:10.18129 / B9.bioc.scMerge

这是发展scMerge版本;稳定的发布版本,请参阅scMerge。

scMerge:合并多个批次的scRNA-seq数据

Bioconductor版本:发展(3.14)

像所有的基因表达数据,单细胞RNA-seq (scRNA-Seq)数据遭受批处理效果和其他不必要的变化使得准确的生物学解释困难。scMerge方法利用因子分析,稳定表达基因(之后)和(伪)复制,删除不需要的变化和合并多个scRNA-Seq数据。这个包包含所有必要的函数scMerge管道,包括识别之后,replication-identification方法和scRNA-Seq数据的合并。

作者:林Yingxin (aut (cre),凯文•王(aut)悉尼生物信息学和生物识别技术集团(曾经)

维护人员:林Yingxin < Yingxin。林在sydney.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“scMerge”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“scMerge”)

HTML	R脚本	scMerge
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,GeneExpression,归一化,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	BiocParallel,BiocSingular,集群,DelayedArray,DelayedMatrixStats,分配,igraph,M3Drop(> = 1.9.4),平行,pdist,代理,ruv,S4Vectors(> = 0.23.19),SingleCellExperiment(> = 1.7.3),SummarizedExperiment
链接
建议	BiocStyle,covr,HDF5Array,knitr,矩阵,rmarkdown,尺度,嘘,testthat,獾
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/SydneyBioX/scMerge
BugReports	https://github.com/SydneyBioX/scMerge/issues
取决于我
进口我	singleCellTK
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scMerge_1.9.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)	scMerge_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scMerge
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scMerge
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scMerge/
包下载报告	下载数据