scMET

DOI:10.18129 / B9.bioc.scMET

这是发展scMET版本;稳定的发布版本,请参阅scMET。

贝叶斯模型的细胞间DNA甲基化的异质性

Bioconductor版本:发展(3.18)

高通量测量单细胞DNA methylomes可以量化的甲基化异构和发现它在基因调控中的作用。然而,技术的局限性和稀疏覆盖可以排除这一任务。scMET分层贝叶斯模型,该模型克服了稀疏,共享信息在细胞和基因功能强劲量化真正的生物学异质性。scMET可以识别高度可变特性驱动表观遗传异质性,并执行差异甲基化和变异性分析。我们说明scMET促进epigenetically截然不同的细胞群的特征以及它如何使小说假说的形成基因表达的表观遗传调控。

作者:安德烈亚斯·c·Kapourani (aut (cre)约翰·里德尔(施)

维护人员:安德烈亚斯·c·Kapourani < kapouranis。安德烈亚斯在gmail.com >

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细节

biocViews	贝叶斯,聚类,报道,DNAMethylation,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,表观遗传学,FeatureExtraction,GeneExpression,GeneRegulation,遗传学,ImmunoOncology,回归,测序,SingleCell,软件
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	方法,Rcpp (> = 1.0.0) RcppParallel (> = 5.0.1) rstan (> = 2.21.3) rstantools(> =魅惑,VGAM,数据。表、质量logitnorm、ggplot2 matrixStats,为了,冬青,coda,BiocStylecowplot统计数据,SummarizedExperiment,SingleCellExperiment、矩阵、dplyrS4Vectors
链接	黑洞(> = 1.66.0)Rcpp (> = 1.0.0) RcppEigen (> = 0.3.3.3.0) RcppParallel (> = 5.0.1) rstan (> = 2.21.3) StanHeaders (> = 2.21.0.7)
建议	testthat、knitr rmarkdown
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
BugReports	https://github.com/andreaskapou/scMET/issues
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源包	scMET_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	scMET_1.3.0.zip
macOS二进制(x86_64)	scMET_1.3.0.tgz
macOS二进制(arm64)	scMET_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scMET
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scMET
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scMET/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scMET/
包下载报告	下载数据