SCGPS.

DOI：10.18129 / b9.bioc.scgps.

这是发展SCGPS的版本;对于稳定的版本版本，请参阅SCGPS.。

对单细胞群进行完全分析，从鉴定群体以分析它们的关系（SCGPS =亚贫乏的单细胞全球预测）

Bioconducts版本：开发（3.14）

该包实现了两个主要算法以回答两个关键问题：分数（在最佳分辨率下稳定聚类），以查找群体，然后是SCGPS调查亚步骤之间的关系。

作者：Quan Nguyen [Aut，Cre]，Michael Thompson [Aut]，Anne Senabouth [Aut]

维护者：Quan Nguyen >

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！qualocmanage（“biocmanager”，squally = true））install.packages（“biocmanager”）＃下面初始化buoc devel biocmanager :: install的使用（版本='devel'）biocmanager ::安装（“scgps”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“SCGPS”）

HTML.	r script.	单细胞全球命运群体的潜力
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	聚类那覆盖范围那DataImport.那测序那SingleCell.那软件
版本	1.7.0
在生物导体中以来	BIOC 3.10（R-3.6）（1.5年）
执照	GPL-3
依靠	r（> = 3.6），概括分析那DynamicTreecut.那SinglecellexPeriment.
进口	glmnet.（> 2.0），招待器（> = 6.0），ggplot2.（> = 2.2.1），快速那dplyr.那rcpp.那rcpparmadillo那rcpppollell，grdevices，图形，统计数据，utils，deseq2.那Locfit.
链接到	rcpp.那rcpparmadillo那rcpppollell
建议	矩阵（> = 1.2），testthat.那kn， 平行，RAMAMAMDOW.那rcolorbrewer.那反弹那ClusterProfiler.那电台，org.hs.eg.db，重塑2.那XLSX.那dendextend.那NetworkD3.那RTSNE.那生物相投那E1071.那WGCNA那devtools.那剂量
系统要求	GNU制作
加强
URL.
Bugreports.	https://github.com/imb-computationationationationationational-genomics-lab/scgps /sisues.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
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包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	scgps_1.7.0.tar.gz.
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）	scgps_1.7.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/scgps.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ scgps
包短网址	https://biocumon.org/packages/scgps/
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