这是发展Scdataviz的版本;对于稳定版本,请参阅Scdataviz。
生物导体版本:开发(3.16)
在单细胞世界中,包括流式细胞术,质量细胞仪,单细胞RNA-SEQ(SCRNA-SEQ)等,需要改善数据可视化并为研究人员带来分析能力,即使是在非技术背景中。Scdataviz试图适合这个空间,同时还可以满足高级用户的需求。在附加的角度上,由于Scdataviz的设计方式(基于SingleCellexperiment)具有“插头和游戏”的感觉,并立即将自己借用为柔韧性和与Scdataviz超越Scdataviz的研究相同。最后,SCDataviz中的图形是通过GGPLOT引擎生成的,这意味着用户可以轻松地“添加”这些功能。
作者:Kevin Blighe [AUT,CRE]
维护者:kevin blighe
引用(从r内,输入引用(“ scdataviz”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:
if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version = devel ='devel')biocmanager :: install(“ scdataviz”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
browsevignettes(“ scdataviz”)
html | R脚本 | SCDATAVIZ:单细胞Dataviz和下游分析 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | DataImport,,,,流程仪,,,,基因表达,,,,免疫学,,,,质谱,,,,rnaseq,,,,Singlecell,,,,软件,,,,转录 |
版本 | 1.7.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.12(R-4.0)(2年) |
执照 | GPL-3 |
要看 | r(> = 4.0),S4VECTORS,,,,Singlecellexperiment |
进口 | GGPLOT2,,,,Ggrepel,,,,流核,,,,UMAP,,,,Seurat,,,,RESHAPE2,,,,秤,,,,rcolorbrewer,,,,Corrplot,统计,grdevices,图形,utils,大量的,,,,矩阵, 方法 |
链接 | |
建议 | PCATOOLS,,,,牛仔图,,,,生物基因,,,,运行,,,,尼特,,,,KableExtra,,,,rmarkDown |
系统要求 | |
增强 | |
URL | https://github.com/kevinblighe/scdataviz |
BugReports | https://github.com/kevinblighe/scdataviz/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | scdataviz_1.7.0.tar.gz |
Windows二进制 | scdataviz_1.7.0.zip |
MacOS 10.13(高山脉) | scdataviz_1.7.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scdataviz |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/scdataviz |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/scdataviz/ |
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