Scdataviz

doi:10.18129/b9.bioc.scdataviz

这是发展Scdataviz的版本;对于稳定版本,请参阅Scdataviz

SCDATAVIZ:单细胞Dataviz和下游分析

生物导体版本:开发(3.16)

在单细胞世界中,包括流式细胞术,质量细胞仪,单细胞RNA-SEQ(SCRNA-SEQ)等,需要改善数据可视化并为研究人员带来分析能力,即使是在非技术背景中。Scdataviz试图适合这个空间,同时还可以满足高级用户的需求。在附加的角度上,由于Scdataviz的设计方式(基于SingleCellexperiment)具有“插头和游戏”的感觉,并立即将自己借用为柔韧性和与Scdataviz超越Scdataviz的研究相同。最后,SCDataviz中的图形是通过GGPLOT引擎生成的,这意味着用户可以轻松地“添加”这些功能。

作者:Kevin Blighe [AUT,CRE]

维护者:kevin blighe

引用(从r内,输入引用(“ scdataviz”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version = devel ='devel')biocmanager :: install(“ scdataviz”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ scdataviz”)

html R脚本 SCDATAVIZ:单细胞Dataviz和下游分析
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 DataImport,,,,流程仪,,,,基因表达,,,,免疫学,,,,质谱,,,,rnaseq,,,,Singlecell,,,,软件,,,,转录
版本 1.7.0
在生物导体中 Bioc 3.12(R-4.0)(2年)
执照 GPL-3
要看 r(> = 4.0),S4VECTORS,,,,Singlecellexperiment
进口 GGPLOT2,,,,Ggrepel,,,,流核,,,,UMAP,,,,Seurat,,,,RESHAPE2,,,,,,,,rcolorbrewer,,,,Corrplot,统计,grdevices,图形,utils,大量的,,,,矩阵, 方法
链接
建议 PCATOOLS,,,,牛仔图,,,,生物基因,,,,运行,,,,尼特,,,,KableExtra,,,,rmarkDown
系统要求
增强
URL https://github.com/kevinblighe/scdataviz
BugReports https://github.com/kevinblighe/scdataviz/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 scdataviz_1.7.0.tar.gz
Windows二进制 scdataviz_1.7.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) scdataviz_1.7.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scdataviz
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/scdataviz
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/scdataviz/
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