scDDboost

DOI:10.18129 / B9.bioc.scDDboost

这是发展scDDboost版本;稳定版请参见scDDboost．

从单细胞rna-seq数据评估表达变化的组成模型

Bioconductor版本:开发(3.17)

scDDboost是一个R包，用于分析两个实验条件之间单细胞表达数据分布的变化。与其他评估差异表达的方法相比，scDDboost从细胞聚集成细胞亚型所传递的信息中独特地受益。通过一个新颖的经验贝叶斯公式，它计算了两个条件之间边际表达分布相同(或不同)的基因特定后验概率。scDDboost中的实现将每个条件中的基因水平表达数据视为负二项分布的混合。

作者:马秀玉[cre, aut]， Michael A. Newton [ctb]

维护者:马秀宇

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("scDDboost")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“scDDboost”)

超文本标记语言	R脚本	scDDboost教程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，聚类，DifferentialExpression，GeneExpression，测序，SingleCell，软件
版本	1.1.0
在Bioconductor	BioC 3.16 (R-4.2)(< 6个月)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 4.2)，ggplot2
进口	Rcpp(> = 0.12.11),RcppEigen(> = 0.3.2.9.0),EBSeq，BiocParallel，mclust，SingleCellExperiment，集群，Oscope，SummarizedExperiment、统计数据、方法
链接	Rcpp，RcppEigen，黑洞
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，testthat
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/wiscstatman/scDDboost
BugReports	https://github.com/wiscstatman/scDDboost/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	scDDboost_1.1.0.tar.gz
Windows二进制	scDDboost_1.1.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	scDDboost_1.1.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	scDDboost_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scDDboost
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scDDboost
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scDDboost/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scDDboost/
软件包下载报告	下载数据