scDD

DOI:10.18129 / B9.bioc.scDD

这是发展scDD版本;稳定版请参见scDD．

单细胞RNA-seq数据的混合建模，以识别具有差异分布的基因

Bioconductor版本:开发(3.17)

这个包实现了一种方法来分析单细胞RNA序列数据利用灵活的狄利克雷过程混合模型。具有不同表达分布的基因被分为两种情况之间的几个有趣的差异模式。该包还包括用于模拟具有负二项分布的这些模式的数据的函数。

作者:Keegan Korthauer

维护者:Keegan Korthauer < Keegan at stat.ubc.ca>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("scDD")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“scDD”)

PDF	R脚本	scDD快速入门
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，聚类，DifferentialExpression，ImmunoOncology，MultipleComparison，RNASeq，SingleCell，软件，可视化
版本	1.23.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(5.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	字段，mclust，BiocParallel，离群值，ggplot2，EBSeq，手臂，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment， grDevices，图形，统计，S4Vectors，食物
链接
建议	BiocStyle，knitr，gridExtra
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kdkorthauer/scDD
BugReports	https://github.com/kdkorthauer/scDD/issues
全靠我
进口我
建议我	飞溅
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	scDD_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	scDD_1.23.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	scDD_1.23.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	scDD_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scDD
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scDD
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scDD/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scDD/
软件包下载报告	下载数据