scClassify

DOI:10.18129 / B9.bioc.scClassify

这是发展scClassify版本;稳定的发布版本,请参阅scClassify。

scClassify:单细胞分层分类

Bioconductor版本:发展(3.17)

scClassify是单细胞RNA-seq数据的多尺度分类框架基于整体学习和细胞类型层次结构,使所需样本量估计准确的细胞类型分类和联合细胞分类使用多个引用。

作者:Yingxin林

维护人员:林Yingxin < Yingxin。林在sydney.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“scClassify”)

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文档

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browseVignettes (“scClassify”)

HTML	R脚本	pretrainedModel
HTML	R脚本	scClassify
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文本		新闻

细节

biocViews	分类,GeneExpression,SingleCell,软件
版本	1.11.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0)
进口	S4Vectors,limma,ggraph,igraph、方法、集群,minpack.lm,mixtools,BiocParallel,代理,proxyC,矩阵,ggplot2,hopach,diptest,mgcv、统计数据、图表、statmod,Cepo
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,pkgdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/SydneyBioX/scClassify/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scClassify_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	scClassify_1.11.0.zip
macOS二进制(x86_64)	scClassify_1.11.0.tgz
macOS二进制(arm64)	scClassify_1.11.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scClassify
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scClassify
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scClassify/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scClassify/
包下载报告	下载数据