scCB2

DOI:10.18129 / B9.bioc.scCB2

这是发展scCB2版本;稳定的发布版本,请参阅scCB2。

CB2改善细胞检测的RNA droplet-based单细胞测序数据

Bioconductor版本:发展(3.16)

scCB2 R包实施区分真正的细胞和CB2空水滴droplet-based单细胞RNA-seq实验(特别是10 x铬)。它是基于聚类相似的条形码和蒙特卡罗计算假定值为每个集群测试背景分布。这个集群级别测试优于single-barcode-level测试在处理低计数条形码和齐次测序库,同时保持罗斯福好控制。

作者:子健倪(aut (cre),沭阳县陈(施),克里斯蒂娜Kendziorski(施)

维修工:子健倪< zni25 wisc.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“scCB2”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“scCB2”)

HTML	R脚本	CB2改善细胞检测的RNA droplet-based单细胞测序数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,DataImport,GeneExpression,预处理,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,矩阵统计数据、方法、跑龙套,刨边机,rhdf5平行,DropletUtils,doParallel,迭代器,foreach,修拉
链接
建议	testthat(> =魅惑,KernSmooth,beachmat,knitr,BiocStyle,rmarkdown
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/zijianni/scCB2
BugReports	https://github.com/zijianni/scCB2/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scCB2_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	scCB2_1.7.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	scCB2_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scCB2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scCB2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scCB2/
包下载报告	下载数据